Nejvyšším orgánem je členská schůze asociace. Členská schůze rozhoduje o všech záležitostech CzWA, které nejsou stanovami asociace svěřeny ostatním orgánům CzWA.
V období mezi členskými schůzemi je CzWA řízena výborem, který rozhoduje o organizačních a hospodářských záležitostech CzWA, koordinuje činnost odborných skupin, přijímá nové členy, apod. Výbor CzWA zastupuje CzWA navenek.
Výbor je kontrolován kontrolní komisí, která o činnosti výboru podává zprávu členské schůzi společnosti. Denní činnost je pak vykonávána sekretariátem se stálou pracovní silou. Odborná činnost je prováděna v rámci příslušných odborných skupin, v nichž jsou sdruženi jednotliví členové CzWA.